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科學(xué)家發(fā)明大尺度鑒定miRNA靶點新方法

時間:2010-10-20     來源:科學(xué)網(wǎng)
《自然一方法學(xué)》網(wǎng)絡(luò)版近日介紹了瑞典蘇黎世大學(xué)生命科學(xué)研究所邁克爾.恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點新方法。


  在過去幾年中,隨著實驗和計算方法的發(fā)展和完善,miRNA靶點的鑒定和預(yù)測研究取得很大進展。然而,全面正確的鑒定miRNA的生物學(xué)相關(guān)靶點依然是個難點。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應(yīng)監(jiān)測”(seleted reaction montitoring,SRM)的方法,該方法利用有針對性的質(zhì)譜技術(shù)實現(xiàn)了對miRNA靶點互作的大尺度蛋白組學(xué)分析,進而對預(yù)測的靶點進行驗證。


  恩加特納等人利用線蟲let-7突變體及其野生型為實驗材料。為了測定于let-7突變數(shù)量減少致的蛋白含量的下降,恩加特納等人對感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進行化學(xué)標記,之后一套對照基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn),161個蛋白中的29個蛋白的表達含量在突變體中發(fā)生變化,這可能是由于let-7基因和不同的靶點互作結(jié)果--該結(jié)果得到了獨立下游試驗包括遺傳互作、多聚核糖分析和熒光霉素檢驗的驗證。

  SRM技術(shù)可以作為一個驗證工具來進一步探索對于靶點的理解;此外,SRM也可能用來精細描述目標蛋白質(zhì)組亞群,促進miRNA生物功能模型的研究。